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Surnommé « Cesc », il est formé à La Masía de Barcelone, avant d'être recruté à l'âge de seize ans par Arsène Wenger, manager du club anglais d'Arsenal. Après avoir fait ses débuts dès 2003 en équipe première, Francesc Fàbregas s'impose peu à peu dans l'entre-jeu londonien, battant au passage quelques records du club, jusqu'à devenir cadre et capitaine de l'équipe.

Son adaptation à l'Angleterre est difficile mais il reçoit l'aide de Senderos (qui parle alors parfaitement 6 langues) pour trouver ses marques. Lors de sa première saison Fabregas ne pense pas encore jouer mais il est pourtant lancé dans le grand bain le 28 octobre 2003 en League Cup face à Roterham United. A cette occasion il devient le plus jeune joueur à évoluer sous le maillot londonien à 16 ans et 177 jours puis le plus jeune buteur dans cette même compétition contre Wolverhampton.

La saison 2004/2005 est un véritable conte de fée pour le jeune espagnol. Il fait ses débuts dans le championnat anglais et profite des blessures de Vieira, Edu et de Gilberto Silva qui l'amènent à disputer 46 matchs toutes compétitions confondues dont 32 en tant que titulaire. Il devient le plus jeune buteur de l'histoire d'Arsenal a inscrire un but en Premier League et le plus jeune buteur en Ligue des Champions contre Rosenborg.

Suite au départ de Vieira en Italie, il confirme son excellente saison en jouant alors à 50 reprises lors de sa saison 2005/2006. Il impressionne notamment en Ligue des Champions: en quart de finale contre la Juventus il inscrit le premier but avant de servir Thierry Henry pour décrocher la victoire au bout. Il dispute la finale de la compétition contre son ancien club, le Barça, mais perd finalement le match sur le score final de 2-1.

Il devient alors petit à petit un joueur clé de l'équipe, disputant toutes les rencontres du championnat d'Angleterre la saison suivante. Il termine meilleur passeur devant Cristiano Ronaldo. Malgré une saison sans trophée Fabregas reçoit plusieurs honneurs comme le Golden Boy (meilleur joueur de -21 ans en Europe), joueur du mois de janvier 2007 en Premier League et est nommé dans l'équipe de l'année 2006 de l'UEFA. En juin 2007 il est élu meilleur joueur de la saison d'Arsenal en récoltant 60% des votes.

La saison suivante Fabregas prend une toute autre dimension. Il inscrit 13 buts dont une frappe lointaine face au Milan AC qui qualifie son club en quart de finale de la LDC. A nouveau il remporte de nombreux trophées individuels (joueur du mois de septembre en PL, meilleur joueur d'Arsenal en août, septembre et octobre et est nommé dans l'équipe de l'année) mais ne parvient pas à remporter un titre avec Arsenal. Il est pour la seconde fois consécutivement meilleur passeur de la Premier League avec 20 passes décisives. Il remporte toutefois l'Euro 2008 avec l'Espagne où il est le meilleur passeur (3 passes décisives, à égalité avec le turc Hamit Altintop).

Le 24 novembre 2008 il reçoit le brassard de capitaine après que Gallas en soit destitué. La saison 2008/2009 est un calvaire pour Arsenal et Fabregas se blesse pour 4 mois en décembre face à Liverpool. Il termine tout de même deuxième meilleur passeur de Premier League derrière son coéquipier Van Persie.

La saison 2009/2010 est encourageante malgré l'absence de trophée à nouveau. Fabregas inscrit toutes compétitions confondues 19 buts et adresse 19 passes décisives en 38 matchs. En quart de finale de Champion's League il affronte une nouvelle fois le FC Barcelone où il inscrira un but sur penalty, un but tâché par une blessure (fracture du tibia) qui l'éloignera des terrains jusqu'à la fin de la saison, et le privera donc du match retour en Catalogne.

Il parvient tout de même à disputer la Coupe du Monde avec la Roja avec qui il remportera la compétition. Il adresse une passe décisive en finale à Iniesta dans les ultimes minutes du match.